Coronavirus : fin de partie ? Point sur l'épidémie en France au 10/04/2020



En utilisant des modèles mathématiques simples, il est possible d’estimer une date de fin de l’épidémie en France.

Timecodes :
0:00 Introduction
1:32 Respect du confinement
3:14 Effet du confinement sur le nombre de morts
7:14 Prévoir la fin de l’épidémie
7:39 Taux de croissance (Growth rate)
12:31 Régression logistique
16:30 Il faut maintenir l’effort

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44 Replies to “Coronavirus : fin de partie ? Point sur l'épidémie en France au 10/04/2020”

  1. Désolé pour la petite toux à 15:49. J'ai oublié de l'enlever. Faîtes attention à vos oreilles 😉
    UPDATE GROWTH RATE : Le growth rate est calculé sur le nombre de morts totaux . Donc quand il arrive à zéro il n'y a plus de morts. Ce n'était pas clair dans la vidéo, et on pouvait penser que je le calculais sur le nombre de morts quotidien, auquel cas il aurait fallu avoir un growth rate négatif pour faire baisser la courbe. Merci à tous ceux qui m'en ont fait la remarque !
    Précision encore : c'est une estimation basée sur des modèles simples, et le vrai résultat dépendra finalement du comportement de chacun.

  2. Sans vouloir troubler la fête il me semble qu'il y a une erreur d'appréciation ici. Sans de nouvelles mesures qui viennent s'ajouter de façon constante à la mesure de confinement il n'y a pas de raison d'espérer que le taux de croissance continue de descendre plutôt que de se stabiliser à par exemple 5%.
    En effet si la mesure de confinement équivalait à un R0 <= 1, dès les "14 jours" de latence, on aurait vu nettement les cas actifs devenir constants, à savoir qu'on aurait atteint le pic de l'épidémie. Or on n'était pas au pic du tout après 14 jours et on n'y sera pas avant quelques jours encore. C'est bien la preuve que le R0 > 1
    Une autre façon de le dire c'est qu'une mesure gouvernementale de réduction de R0 correspond à un changement de palier de R0 et non pas à une inversion de celui-ci, une ligne droite jusque R0 = 0.
    Donc une mesure provoque donc :
    (graphe du taux de croissance en %).
    __
    __ ← mesure 1 correspondant à un R0 constant diminué.
    ________ ← mesure 2 correspondant à un R0 constant diminué encore.
    _______________________ < R0 = 1 (0% de croissance, pic de l'épidémie)
    Et non pas :
    __

    ← une seule mesure
    ______________________
    En Italie, le confinement à amené une réduction et pendant des semaines la croissance exponentielle (réduite) se notait toujours (environ +15% de morts/j) et c'est seulement quand l'Italie a mis fin au travail non essentiel que 10 jours plus tard on l'a vue passer de 15% a environ 7%. Mais le R0 n'est toujours pas égal à 1 en Italie. En effet les cas actifs arrivent presque à leur pic 100k cas actifs qui ne réduira que lorsque de nouvelles mesures seront prises pour obtenir un R0 en dessous de 1 ou que l'immunité de groupe commence enfin à faire effet.

  3. Merci pour toutes ces explications. P'tite question concernant le "Growth Rate". J'ai essayé de l'obtenir en utilisant la formule (deces jour n – deces jour n-1) / deces jour n mais ca ne me donne pas les mêmes résultats, bien que j'utilise les données de GitHub. Pourriez-vous m'expliquer comment vous avez procédé svp?
    Merci

  4. Il serait intéressant d'avoir le nombre de morts hors corona et notamment des gens de + de 65 ans avec une comparaison de 2019
    Je pense que ça serait vraiment très intéressant…
    Je ne sais pas pourquoi le vieux au dessus de chez moi est d'un arrêt cardiaque sa fille m'a dit qu'il est mort du corona… Il n'avait aucun symptômes mais un cœur très faible. Je lui ai servi le souper la veille de son décès. Je ne suis pas médecin mais je ne suis pas stupide.. J'ai le sentiment que l'on joue avec nous.
    J'ai appris une chose c'est qu'avec les chiffres on peut voir facilement la vérité
    Merci si tu peux nous faire une présentation détaillée de la mortalité différentes des médias traditionnelle
    Si tu découvres la vérité en ayant que les chiffres officiel en ce temps de mensonges la vérité t'apportera la lumière

  5. très bonne vidéo qui explique assez simplement les stats appliquées à cette épidémie. Mais effectivement cette hypothèse de 20 000 environ ne tient qu'à condition qu'il n'y ai pas de 2ieme vague. Il faut l’espérer car la disparité de diffusion de l'épidémie suivant les régions est un vrai casse tête… Bon dimanche!

  6. Belle vidéo, néanmoins la courbe commence a d'infléchir avant les pseudos effets du confinement, si le confinement avait un effet elle se serait infléchit plus tard
    Je continue de penser que c'est un virus saisonier comme la grippe ça prouve rien tes courbes sur l'efficacité du confinement

  7. Ayayaie , t'as pas mis dans ton modèle le facteur : Il fait beau, c'est le week-end, putain, merde, fait chier, on va sortir !
    T'as pas idée du nombre de gens que je vois dans mon coin depuis 2 jours, alors que d'habitude, je ne vois dans la journée que ma femme et le renard (même plus le facteur). Ça rentre, ça sort, ça revient … oups ^^ !
    A côté, il sont 5/6 entre amis, ils vont surement se faire un p'tit barbeuk … je les connais très bien, et il n'y en a pas un(e) qui vient du même bled … re-oups ! 🙁
    Bon, j'y crois quand même, bien que dans biostatistique, il y a bio ! ;p

  8. Pas mal, mais je n ai pas confiance dans la véracité des hypothèses de construction. Nombre de morts par Covid 19 est il réellement évalué de manière exacte et exhaustive? Sans cela, on pourra tirer toutes les courbes qu on veut ca reste du pipeau 🙂

  9. Vidéo politique, tu nous fais du Raoult inversé 😉 (c'est pas malveillant, je fais partie de ceux qui sont très reconnaissants envers le coup de poker de Raoult, même s'il faudrait le dépasser maintenant).
    Est-ce que tu es d'accord que tu montres une corrélation mais en aucun cas une causalité ? Y a-t-il des études en double-aveugle avec placebo, multi-centriques, triple salto arrière, sur le confinement, comme quoi les effets secondaires sont moins importants que les bénéfices à l'échelle d'un pays entier ?
    Donc tu t'empares de données, tu les entres dans des modèles, et tu fais des prédictions. Elles marchent. Ok.
    Tu ne discutes même pas les données ? (0:45 cette phrase est fausse) Comment est-ce qu'on compte les morts dues ou liées (c'est pas pareil) au Covid-19, au fait ? C'est super important, parce que si les chiffres sont complètement surestimés, alors ça fera les mêmes courbes mais en valeur absolue la nécessité de la politique menée sera (encore) plus discutable, surtout si on arrive à comparer avec la courbe des conséquences directes de la politique en question !
    J'ai une bonne idée pour arriver à 0 morts de maladies contagieuses d'ici quelques semaines, c'est d'attacher tout le monde pour l'empêcher de bouger, et de le nourrir en intraveineuse, 0 mouvements, 0 rencontres… Bref c'est absurde, on ne peut pas défendre des remèdes pires que les maux juste pour embellir une courbe. Il faut une vue d'ensemble.

    Quid d'éléments perturbateurs, comme la généralisation d'un traitement efficace ? Pourquoi est-ce que le nombre de morts devrait être prévisible, à quoi bon essayer de soigner dans ce cas ? Si des traitements efficaces se généralisent (ex : https://www.lelibrepenseur.org/?s=vitamine+c , https://www.youtube.com/watch?v=giyZvits7DU , …), et si en plus on teste efficacement (en terme de faux positifs/négatifs) les morts pour bien déterminer si le Covid y est pour quelque chose, on devrait pouvoir sortir du confinement dès demain sans augmenter le danger.
    Alors moi, je suis comme toi je suppose, le confinement je le vis assez bien, je m'informe avec des sources qui font diminuer l'angoisse ou le stress, j'ai du divertissement dispo sur place pour des dizaines d'années, des moyens pour acheter la nourriture… Mais nous avons des millions de pauvres dans ce pays. Et nous n'allons pas sortir du capitalisme, ce qui veut dire que d'autres courbes (financières) vont avoir de vrais impacts et faire de vrais morts, a priori, si rien n'est fait.

  10. Bonjour,
    Vers le 25 avril vous dites “on aura plus de nouveau mort” (12:20) c’est pas plutôt “le taux de croissance de mort est négatif, toujours des morts mais inférieur au jour précédent” ? En tout cas bon boulot et merci d’avoir pris le temps de réaliser les graphiques

  11. Bonjour! Je suis ébahi de vos explications claires et ultra-compréhensibles! Je suis désolé de ne pas vous avoir demandé l’autorisation avant mais vu l’urgence (on arrive dans le week-end de Pâques), j’ai partagé et demandé à tous med contacts de partager votre vidéo! Et pour l’avenir, si vous vous ennuyez, n’hésitez pas à devenir prof de biostatistiques en faculté de médecine et pharmacie. Si nous avions eu des professeurs aussi claires que vous, la biostatistique n’aurait pas été notre bête noire à la fac!! Merci merci!!! Et bravo pour votre talent pour les explications!

  12. Bonjour,
    J’ai un doute sur l’interpretation de votre exposé.
    Vous parlez de plus de nouveaux morts après le 26/04, n’y a t-il pas confusion entre nouveaux morts liés de nouvelles contaminations, et nombre de morts tout court par rapport aux anciennes contaminations.
    Je doute qu’il n’y ait plus de mort après le 26/04, par contre ok pour le cercle virtueux qui annonce à cette date la fin des nouveaux cas qui déclencheront des morts à terme.

  13. Ce que tu essai de prouver est mathématiquement faux. Déjà en premier t'as valider ton modèle exponentielle en vérifiant le nombre de mort réelle le 20 mars (si je me trompe pas sur la date que t'as dit dans la vidéo), qu'est ce qui te dit que ton modèle est toujours valable après cette date ?? C'est pas suffisant pour dire que ton modèle est valable ……

  14. Merci beaucoup pour ces modélisations très intéressantes. Donc il y a des chances que la France soit en confinement jusque fin mai afin d'être sûr que ça ne reprenne pas. La Belgique aussi sans doute, car on suit à peu près le même modèle. On commence à voir la fin du tunnel et c'est très bien.

  15. Je ne supporte plus cette subordination aux Américains… Dire growth rate et le mettre sur les graphiques alors qu'on a (et vous l'utilisez aussi) taux de croissance. Ça fait bien peut être ? À la mode ?
    En tout cas très bon travail et très bonne vidéo 👍
    Pour info je ne suis pas un vieux râleur, un jeune qui parle anglais couramment mais qui ne supporte pas de voir notre belle langue française mise au second rang.. parce que ça fait bien ..

  16. Même le nombre de morts n'est pas nécessairement totalement fiable… mais c'est vrai que c'est tout de même plus fiable que le nombre de cas confirmés. Et heureusement, tout le monde ne meurt pas.

  17. Je n y connaît rien mais explication claires et discours qui fait du bien
    Mais je pense qu il n y a pas que le confinement qui est responsable de ce résultat, les autres mesures barrière tels que lavage main, masque et distanciation sociale (autre que confinement) montrent leurs efficacité et que celles ci devront être prolongées après le covid…. (quand c possible…)
    Encore merci

  18. « L'agriculture mondiale pourrait nourrir sans problème 12 milliards d'êtres humains. Mais toutes les cinq secondes un enfant meurt de faim».
    On meurt à tout âge, alors arrondissons : 25 000 êtres humains meurent de faim chaque jour.
    Pourquoi ces chiffres monstrueux ne suscitent que si peu d'intérêt, ne sont pas présentés chaque soir aux infos ?

    Ce serait super que vous fassiez des videos dessus.

  19. Il compte les Morts comme des bitcoins.. C est quoi ces vidéos… Il veux nous faire"une animation sympa " ( dixit cet idiot) pour nous montrer la réduction du nombre de morts….le tact ne connaît pas cet indivdu…. Va faire des maths mais pour la sensibilité zéro le garcon
    n importe quoi…oui comme le dis un gars cense dans bun commentaire, va Pluto faire du sport tu es tout blanc et frele le geek sinistre et sans ame…

  20. Petites questions dans le modèle logistique.

    Les trois paramètres étaient libre je suppose ?
    Ils ont été estimé avec une descente de gradient ? Si oui est ce les seules valeur trouvée.

    Enfin quel est le loss que l'on sache là marge d'erreur des paramètres.

  21. Tout d'abord bravo pour la video c'est pas mal du tout … (tu pourrais à l'occasion regarder qq vidéos US qui sont à mon avis tres "facile d'accès" tout en étant tres pédagogique. cela pourrait te donner de nouvelles idées pour "la forme" … parce que pour "le fond" je trouve que tu as fait le job.) Maintenant, concernant évolution des cas, te serait il possible de nous "montrer" dans une nouvelle vidéo (lorsque tu pourras et ou si tu le veux, bien sur), ce qui se passerait (se passera) si il y a une une seconde "vague" de contamination (par exemple à Paris) il y a deux ou trois semaines de cela (donc dans la semaine qui a suivi le confinement) et comment cela deviendrait "visible" en terme de graphe… (effet "rebond" ou pente plus "faible" dans la decroissance? etc etc) merci et tout de bon à toi!

  22. Je comprend pas, quand le growth rate atteint 0 ça veut dire que le nombre ne mort n'augmente plus, du coup c'est pas que l'on a plus de mort mais plus de croissance de mort. A savoir de la veille sur le lendemain, on a le même nombre de morts. Pour ne plus avoir de nouveaux morts il faudrait une croissance négative pendant suffisamment longtemps pour atteindre 0. non ?

  23. Moi j'aurais bien voulu connaître en revanche les diagrammes et les analyses si il n'y avait pas eu de confinement. Juste pour démontrer que tes hypothèses ne signifient rien de concret sans faire un parallèle avec des chiffres d'extrapolation comme tu les présentes ici, mais pour une période sans confinement. Ce sont juste des conclusions hypothético-déductives. Sans compter et dire à tous que le confinement total préconisé n'est pas du tout respecté, que cela dépend des régions, des zones, que de nombreuses grandes entreprises et usines continuent les activités avec bien peu de respect des conditions sanitaires d'urgence, idem pour certains transports en commun voués à transporter ces mêmes travailleurs, que les hôpitaux, même s'ils avaient tout le matériel sanitaire d'urgence, restent tout de même les premiers endroits où l'on peut concrètement propager le mieux ce virus, etc, etc. Bref, analyse biaisée selon moi, et une fois de plus, Mathieu, tes propos ne m'ont pas convaincu, bien qu'explicités de manière calme et dispose. Trop dispose justement, ou encline à aller dans le sens de "La vérité."

  24. Il ne faut pas seulement que l'on conserve notre confinement, il faut aussi que les services de santé tiennent. Et ça, ce n'est pas certain du tout, car l'augmentation du nombre de morts signifie l'augmentation des personnes en soin et donc de la charge des services de santé. Et ils sont déjà en surcharge.
    Le problème est que tes graphes sont justes "toutes choses égales par ailleurs" ce qui est loin d'être le cas.

    Cela étant, merci pour cette analyse, elle permet de se rendre compte de l'effet du confinement et de le promouvoir.

  25. C'est plutôt une bonne nouvelle, si le confinement est respecté. Pourrai-tu m'éclairer sur la situation en Belgique ? Nous avons accès a des rapports sur la situation épidémiologique quotidien mais j'avoue ne pas réussir à décrypter dans chose ou du moins en conclure une estimation. https://epidemio.wiv-isp.be/ID/Pages/2019-nCoV_epidemiological_situation.aspx

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